«Звёздные Врата», таинственный артефакт, найденный на плато Гиза, и создающий энергетический тоннель между Землёй и планетой Абидос, были вновь открыты. Прошедшие через них существа захватили в плен женщину-военную и убили остальную охрану. Генералом Хаммондом было принято решение вернуть из отставки полковника Джека О'Нилла, который вынужден был признать что, вопреки отданному приказу, он не уничтожил «Врата» на другой стороне. Прибыв на Абидос, специально созданная команда SG-1 вновь встречается с Дэниэлом Джексоном, обнаруживает список множества «Врат», разбросанных по Галактике и впервые встречает брата Ра, гоа’улда Апофиса, захватившего жену Дэниэла Ша’ре и её брата Скаару.

После возвращения с Чулака майор Кавальский начал жаловаться на постоянные головные боли. Медицинский осмотр выявил личинку гоа’улда, спасшуюся из тела убитого на Чулаке джаффа и прикрепившуюся к шейному отделу позвоночника майора. С помощью Тил'ка, врачи смогли подобрать оптимальную анестезию, но единственный выход — это хирургическая операция, которая из-за своей сложности почти нереальна.

Попав на планету, капитан Картер оказалась в весьма сложном положении. Законы этого мира, где жили люди, похожие на древних монголов, запрещали женщинам всякое самовыражение. Сын вождя Абу похитил Саманту, чтобы обменять златовласую иностранку на свою любовь.

Команда SG-1 попадает на планету, чьё солнце разделяет планету на две части — вечной ночи и вечного дня. На светлой стороне живут люди, чья цивилизация весьма схожа с минойской цивилизацией уровня бронзового века, а на тёмной стороне живут первобытные существа. После возращения на Землю оказывается, что причиной отсталости последних является инфекция, заразившая и команду SG-1, а позже и остальной персонал «Звёздных врат».

На одной из планет команда SG-1 обнаруживает массу разбитых кристаллов. Полковник О’Нилл, найдя один целый и дотронувшись до него, был отброшен непонятной силой и потерял сознание. Возникший из кристалла его абсолютный двойник, возвращается на Землю в составе ничего не подозревающей команды.

Для поиска новых военных технологий, Тил'к предлагает отправиться на планету, где обитают существа по имени Фенри, обладающие способностью становиться невидимыми. Прибыв на планету, команда SG-1 встречает своего заклятого врага Апофиса, который тоже охотится на Фенри.

Команда SG-1 попадает на планету Аргос, смоделированную по образу классической Греции. Живущие на ней люди всегда счастливы и веселы. Однако выясняется, что срок их жизни чрезвычайно короток — лишь сто дней. О’Нилл заражается этой странной болезнью и начинает очень быстро стареть. По оценкам врачей, ему осталось жить не более двух недель.

В попытке найти новых союзников для борьбы с гоа’улдами, Дэниел предлагает найти мир, где якобы правил скандинавский бог войны Тор, который защищал людей от «этинов» — злобных дьяволов. Оказалось, что этот мир под названием Киммерия, давно известен Тил'ку, и что он считается запрещенным для гоа’улдов и джаффа. Команда SG-1 отправляется туда, чтобы войти в контакт с расой Тора.

Пентагон рассекретил плёнки, связанные с экспериментами над «Вратами» полувековой давности. Просматривая видеозаписи экспериментов, Дэниэл Джексон обнаружил, что они увенчались успехом и «Врата» были открыты, после чего через них был послан доброволец — доктор Эрнест Литлфилд. За разъяснениями Дэниел обращается к бывшей руководительнице проекта «Звёздных Врат» Кэтрине Ленфорд, чей отец когда-то обнаружил «Врата» и занимался дальнейшими исследованиями.

Тил'к рассказывает О’Ниллу о том, что у него на Чулаке есть сын. Мальчик достиг возраста, когда ему должны имплантировать гоа’улда и сделать его джаффой. Тил'к должен помешать этой церемонии, для того, что бы спасти Раека от рабства, на которое обрекает его служение го’аулдам. SG-1 отправляется на Чулак.

Команда SG-1 возвращается в сильном шоке с очередного задания, через четыре часа после его начала. Они рассказали генералу Хаммонду о том, что гейзеры, находящиеся на планете, начали спонтанно выбрасывать пламя. Дэниел, находился в этот момент слишком близко возле опасного источника и тут же сгорел. Но команда SG-1 не может избавиться от чувства, что Дэниел жив и ещё раз отправляется на планету.

При исследовании пирамид в Мексике археологи обнаружили саркофаг с египетскими иероглифами. Открыв его, они выпустили на свободу сильного гоа’улда — Хатор, которая находилась в анабиозе десять тысяч лет. Хатор направляется к базе с «Вратами», чтобы, пользуясь своей властью над мужчинами, создать собственную армию.

Команда SG-1 отправилась на планету P8X-987, чтобы во время солнечного затмения наблюдать чёрные дыры, однако, прибыв туда, они обнаруживают, что все её обитатели и команда SG-9 погибли от непонятной болезни. И только десятилетняя девочка чудом осталась в живых.

На очередном задании SG-1 попадает на планету, на которой раньше был Тил'к. Это — место, облюбованное гоа’улдами, как место сбора, для будущих носителей гоа’улдов. Живущие здесь люди, Бирсы, находясь под вечным страхом потери родных и близких. Эти люди стали добрыми и чуткими друг к другу. Они ставят справедливость при выше всего. Тил'к должен ответить на суде перед юношей, чьего отца он убил, когда был на службе у Апофиса. Наказание за это преступление — смерть.

На планете Толлан, команда полковника О'Нилла попадет в самое сердце катастрофы — извергающийся вулкан выбрасывает огненные потоки лавы и удушающие газы. Около «Врат», под слоем пепла лежат тела тех, кто не успел выбраться из этого ада. SG-1 спасает всех оставшихся в живых толонцев. Однако те, не спешат с благодарностью за спасение.

Во время очередного задания, команда SG-1 подверглась нападению. При переходе сквозь «Врата», домой вернулись только Дэниэл и Тил'к. Саманта и полковник оказались в ледяной пещере. Устройство для набора координат находиться под толстым слоем льда. Во время прохождения сквозь «Врата» О’Нилл сломал себе ногу. Дэниел и Тил'к продолжают искать их, не оставляя надежды на то, что их друзья всё ещё живы, однако с каждой секундой, на это остаётся всё меньше времени.

На одной из «ржавых» планет SG-1 попадает под удар электршока. Придя в себя, они обнаруживают себя в обществе добродушного и весёлого человека по имени Харлом, который утверждает, что ему 11000 лет, и что все они теперь стали «лучше».

На планете P3R-233, SG-1 обнаруживает пустующую базу, на которой когда — то была борьба с гоа’улдами, и чьи защитники были побеждены. Дэниел находит там странное зеркало. Он дотрагивается до него и, вернувшись на Землю, обнаруживает, что здесь всё совсем по-другому.

Сенатор Кинси считает что проект «Звёздные Врата» не оправдывает затраченных деньги налогоплательщиков и поэтому он сообщает, что проект закрывается. На совещании, команда полковника пытается его переубедить, но бесполезно, и проект «Звёздные Врата» готовят к закрытию.

После официального свёртывания проекта, «Звёздные Врата» должны быть закрыты, однако SG-1, не подчинившись приказу, предпринимает отчаянную попытку использовать добытые Дэниелом координаты и спасти родную планету от массированной атаки гоа’улдов.