Взрывная волна отбросила корабль SG-1, «позаимствованный» у Хроноса, в другую галактику, на расстояние четырех миллионов световых лет от Земли. В компании с ними оказался и флагман Апофиса. Только гоа’улд навел орудия и вознамерился в упор расстрелять, поврежденный при взрыве корабль SG-1, как его внезапно атаковало незнакомое судно.

Апофис изменил память Тил'ка, теперь джаффа считает себя преданным союзником гоа’улда и врагом SG-1. Чтобы вернуть друга, Джек, Дэниел и Саманта решились на рискованный эксперимент, они подвели Тил'ка к порогу смерти и заставили его вспомнить всю свою жизнь.

На задании Саманта Картер неожиданно безо всякой причины потеряла сознание. После возвращения на Землю Саманта застала в своем доме загадочного поклонника, невидимого для окружающих. Она пожаловалась на незнакомца своим друзьям, но Джек, Дэниел и Тил'к не поверили в рассказ об инопланетном кавалере и решили, что Саманта переутомилась.

Полковник О’Нилл и лейтенант Тейлор попали в засаду и застряли между двумя отрядами джаффа под командованием очередного Системного Владыки. Тем временем, Дэниел, Саманта и Тил'к благополучно вернулись на земную базу и обнаружили, что понятия не имеют, кто такой лейтенант Тейлор и как он попал в отряд SG-1.

У Кассандры, заботливо опекаемой доктором Фрейзер, появились неконтролируемые приступы телекинеза. Ее здоровье резко ухудшилось, у нее возросла мозговая активность и поднялась температура. В поисках лекарства SG-1 отправились на родину Кассандры и обнаружили лабораторию гоа’улдов.

Унас Чака, когда-то похитивший Дэниела, а после подружившийся с ним, попал в неволю к людям, использующих Унасов в качестве вьючных животных. Хозяин Чаки потребовал от Дэниела за свободу Унаса двух других рабов и Дэниэл решил освободить Чаку от рабской участи силой, даже рискуя свободой и безопасностью своих друзей.

К SG-1 присоединилось четверо русских военных, и они отправились на поиски пропавшего русского отряда. Дэниел обнаружил гробницу 3000-летней давности, построенную по образцу месопотамских зиккуратов, а в ней тела погибших русских военных и гоа’улдовский саркофаг с разложившимися останками бывшего носителя гоа’улда Мардука. К несчастью, вход в зиккурат захлопнулся и замуровал путешественников в компании с жутким пожирателем плоти.

Прибыв на похоронную церемонию, SG-1 получили от Толланцев подозрительно щедрое предложение — ионные пушки в обмен на земной минерал, запасы которого у толланцев подошли к концу. Забравшись втихаря в толланцкий компьютер, Саманта обнаружила, что несколько месяцев назад ионные пушки не сладили с кораблем гоа’улдов. И теперь, те стали диктовать Толланцам свои условия, пытаясь чужими руками, убрать со своей дороги землян.

Технически развитая раса Ашенов предложила землянам оружие и технологиями, способные побороть гоа’улдов, потребовав взамен земную базу адресов планет. Отказ Ашенов, якобы в целях безопасности, назвать координаты своей планеты, заставил Саманту заняться поисками их родины. Адрес одной из подозрительных планет совпал с координатами, указанными в записке, которую Джек послал сам себе несколько месяцев назад (Эпизод 416).

Майора Саманту Картер похитили таинственные люди в чёрном. Генерал Хаммонд, обеспокоенный исчезновением Саманты, отрядил Джека и Дэниела на ее поиски. Пока Джек вытрясал информацию из Мейбурна, Саманте в секретной лаборатории устроили допрос, пытаясь выяснить, как извлечь личинку гоа’улда, когда она вылечит смертельного больного миллионера.

У Марса обнаружен неизвестный корабль, направляющийся к Земле. Саманта выяснила, что его создатели – вымершая раса, с последним представителем который SG-1 хорошо знакомы. А «последний из могикан» Мартин Ллойд (эпизод 422) поставил новое телевизионное шоу, положив в его основу идею… «Звёздных Врат». Проморолик оставил довольной только Саманту Картер, которой понравилась игра актрисы, изображающей ее персонаж.

SG-1 на тренировочном полигоне с курсантами, среди которых и подшефная Картер – Хейли. Саманта и Дэниел притворились гоа’улдами, а Джек с будущими SG-солдатами должны их нейтрализовать. Тренировка закончилась, курсанты недовольны незатейливостью и надуманностью задания. Внезапно раздался звонок, база «Звёздных Врат» захвачена гоа’улдами, SG-1 с курсантами бросились на выручку своим коллегам.

Корабль Танита разбил наборное устройство, когда SG-1 прыгнули в червоточину. На землю вернулись все, кроме Тил'ка. Саманта вычислила, что его энергия останется в буфере Врат, пока они отключены, и она сумеет вытащить Тил'ка с помощью наборного устройства русских. А пока, врата отключены на 48 часов, а Дэниел отправился на переговоры в Россию.

Ток'ры создали химическое оружие, уничтожающее личинку гоа’улда внутри человека. Применить оружие решено на секретном саммите гоа’улдовских Системных Владык. Дэниел под видом раба проник на Саммит, но неожиданно столкнулся с гоа’улдом Осирисом, который поселился в теле его бывшей возлюбленной Сары, а на Саммите выдал себя за Анубиса, самого сильного из всех гоа’улдов. А на базу ток'ра, куда отправились остальные SG-1, напали гоа’улды.

Встреча с Сарой/Анубисом помешала Дэниелу применить яд, так как смерть всех Системных Владык и отсутствие у Анубиса договора с Азгардам развязали бы новоиспеченному гоа’улду руки. Дэниел решил забрать Сару с собой на Землю, чтобы извлечь симбионта. А на планете ток'ра SG-1 наконец-то удалось подать сигнал бедствия Селмаку.

К Земле летит огромный астероид — подарок от гоа’улдов. Столкновение через 11 дней, силы взрыва, увеличенного наквадаком, хватит, чтобы сжечь атмосферу и вскипятить океаны. Азгарды помочь землянам отказались, опять сославшись на соглашение с Системными Владыками, ток'ра залечивают раны после нападения гоа’улдов. SG-1 придется «сражаться» с незваным гостем в одиночку, подлатав на скорую руку корабль Селмака, они отправились взрывать астероид.

К'Тано, новый харизматичный предводитель джаффа, собрал армию для борьбы с ложными богами — гоа’улдами. SG-1 отправились на планету, где расположился лагерь сторонников К'Тано, поддержать движение сопротивления. Но Джека загрызли сомнения, уж слишком легко и непринужденно К'Тано находит сторонников, и затем, так же легко и просто отправляет их на заведомо невыполнимые задания.

На планете, разрушенной неизвестной катастрофой, SG-1 нашли девушку-робота. Саманта забрала ее на базу для дальнейшего изучения, не подозревая, какого Троянского коня везет. Очнувшись, девушка-робот, будто не зная, что она робот, назвала свое имя — Риз и осведомилась о своем отце, а затем от скуки сотворила игрушку… репликатора. Когда генерал Хаммонд осознал опасность, репликаторы уже контролировали все компьютерные системы базы.

Отряд SG-9 отправился на планету P2A018, чтобы принять участие в переговорах о «Страже» — оружии, защищающем планету от гоа’улдов. Но планета оказалась захваченной гоа’улдами, потому что лжеотряд «Звёздных Врат», воровавший инопланетный технологии (в эпизоде 318), повредил «Стража». Джек в компании бывших «коллег» из лжеотряда, вызволенных из тюрьмы, и при поддержке Дэниела, Саманты и Тил'ка отправился на P2A018, надеясь починить «Стpажа».

На планете Келоуна SG-1 обнаружили цивилизацию, всего на 50 лет отстающую от современной земной. Правительство страны, владеющей «Звёздными Вратами», в знак своего расположения приставило к SG-1 свого представителя Джонаса Квина. Настало время переговоров, как вдруг в исследовательской лаборатории произошел выброс радиации, в результате которого Дэниел получил смертельную дозу облучения, но получил возможность возвыситься.

Осирис напал на планету, где находилась секретная лаборатория Азгардов. Когда Тор бросился на помощь, гоа’улд захватил его в плен. Азгарды за неимением свободных кораблей попросили SG-1 эвакуировать с планеты азгардовских ученых. Тем временем, перед Тором предстал гоа’улд Анубис и продемонстрировал пленнику новое устройство, умеющее считывать информации напрямую из мозга.