На орбиту Земли вышли два корабля гоа'улдов. Опасаясь самого худшего, командование SGC эвакуирует через «Врата» самых важных людей земного общества. Тем временем, команда SG-1 пытается уничтожить флот противника, проникнув с помощью «Врат» на корабль, находящийся под управлением сына Апофиса — Корела.

Гоа'улдами было совершено нападение на маленькую деревню, расположенную на планете Насиа, в то время, когда там находилась команда SG-1. При спасении тяжело раненого, в тело Саманты Картер проник гоа'улд. Полковник О’Нилл, пытается договориться с ним, что бы спасти жизнь женщины.

При исследовании малозначительной на первый взгляд планеты, команда полковника О’Нилла встречает умоляющего о помощи человека. Но стоило им только дотронуться до него, как охраняющие эту планету существа признают их виновными в преступлении этого человека — убийстве, и приговаривают к пожизненному заключению в особом мире, где правит только грубая сила осужденных.

SG-1 довелось исследовать удивительно красивый мир, где среди цветов находился купол, содержащий странные устройства, в которых спали находясь в анабиозе люди. При попытке исследовать их, команда оказалась поймана странными механизмами этих машин. Очнувшись, они вынуждены были снова и снова проживать все самые страшные моменты своей жизни, на радость Хранителю виртуального мира.

Команда SG-1 возвращается на планету Cиммерия узнав о том, что она была атакована гоа'улдами. «Молот Тора» был — единственной защиты от вторжения гоа'улдов был уничтожен в прошлое посещение планеты командой.

При исследовании мёртвой планеты, SG-1 обнаруживает шар, испускающий электромагнитные импульсы. Поскольку шар мог потенциально нести в себе полезную информацию и мог быть источником энергии, они приносят его на Землю для дальнейшего изучения, но вскоре обнаруживают свою ошибку.

Бра'так, наставник Тил'ка, прибыл на базу с шокирующими новостями: Апофису удалось выжить после взрыва корабля. Гоа'улд объявился на Чулаке и похитил сына Тил'ка. SG-1 бросились за ним вдогонку, чтобы уберечь мальчика от влияния Апофиса. В ходе поисков Тил'к получил известие о своей жене.

Полковник О’Нилл и капитан Саманта Картер приглашены в Вашингтон для вручения наград. Тем временем, не смотря на то, что Дэниел не выполнил обещания, данного отцу Ша’ре, он решает возвратиться на Абидос. Однако к своему удивлению он узнаёт, что его жена уже около полугода живёт там, ожидая появления на свет ребёнка от Апофиса.

При исследовании планеты BP6-3Q1 Тил'к был ужален огромным насекомым. Яд насекомого начал трансформировать ДНК Тил'ка в свою собственную. Во время транспортировки Тил'ка в специальную лабораторию для исследования этой болезни, произошёл несчастный случай, который помог Тил'ку сбежать. Команда SG-1 должна найти своего друга, пока ещё для него не слишком поздно.

Саманту Картер начинают мучить видения. Она видит сны Джолинар — ток'ра, которая находилась в её теле. Она была мятежницей, которая сопротивлялась власти лордов системы. SG-1 отправляется на задание, в то время как отец Картер умирает от рака.

Ток'ра отклонили предложение SG-1 вступить с землянами в союз против гоа'улдов, пояснив, что, во-первых, землянам нечего предложить взамен. И, во-вторых, для союза нужно доверие, а о каком доверии и взаимопомощи может идти речь, когда никто из людей не согласился стать носителем ток'ра Селмака.

Команда SG-11, была занята на планете PXY-887 добычей сверхлёгкого и прочного металла триний. По непонятным причинам эта команда не вышла на связь, в установленное время, во время приёма сигнала в SGC из «Врат» вылетела стрела, которая, пробила бронестекло и попала в предплечье полковника. Командование для этой миссии перешло на капитана Картер. SG-1 отправляться на задание для того, что бы разобраться с судьбой пропавшей команды.

Группа людей, замаскировавшись под отряд SG-1, украла на планете Мадрона «Пробный камень», который управляет климатом планеты. Без «Пробный камень» погода стала ухудшаться, над жителями планеты нависла смертельная угроза. Местный первосвященник Рохам обвинил в краже отряд SG-1.

Дэниел предлагает заняться более подробным исследованием планеты, где на полу были обнаружены неизвестные ему письмена. В изначально глухой комнате вдруг появилось странное устройство. Заглянув в него, полковник был им схвачен. По возвращении, он начал вставлять в свою речь слова из инородного языка, будучи не в состоянии объяснить их смысл.

Планета P3X-451 попадает под влияние чёрной дыры, в то время как там находилась команда SG-10. При попытке спасти их, были открыты «Врата». Однако тем самым они были вовлечены в гравитационное поле дыры. При попытке отключения энергии «Врат», Тил'к получил сильные ожоги, и это ничего не дало.

SG-1 пали жертвой изобретения Ма’челло, давнего врага гоа'улдов. Ма’челло заверил SG-1, что обладает оружием против гоа'улдов, и с помощью хитрого устройства обманом забрал тело Дэниела. Сознание Ма’челло переселилось в тело молодого археолога, а сознание Дэниела оказалось в теле умирающего старика.

Команда SG-1 получает сигнал от ток'ра с назначением встречи. Однако вместо повстанцев недалеко от «Врат» падает подбитый глайдер, в котором они обнаруживают своего заклятого врага — Апофиса. Раненный лорд умоляет своих бывших противников о помощи. Он предлагает все знания свой расы в обмен на нового носителя.

Во время обычной разведывательной миссии разбился планер, он врезался в растение, напоминающее кактус. SG-1 отправились на поиски планера и столкнулись с примитивными существами, которые после прибытия SG-1 внезапно заболели. Вскоре чума охватила всю расу.

Через «Врата» в комплекс проходит десятилетний мальчик. Он рассказывает, что его мать принадлежит к расе Риту, чья планета была уничтожена лордами системы, и теперь фракция террористов Риту решила победить гоа'улдов, уничтожая всех потенциальных носителей — людей.

Солнечная вспышка изменила пространственный туннель и перебросила SG-1 в 1969 год. Они приземлились на секретный военный объект. Во время переезда на место дальнейшего допроса, молодой лейтенант Хаммонд помог им сбежать. Чтобы попасть домой, ребята должны добраться до «Звездных Врат» к следующей солнечной вспышке.

Джек проснулся в криогенном контейнере земной базы «Звездных Врат». Доктора уверили, что он был в заморозке 79 лет, а его друзья Дэниел, Саманта и Тил'к погибли много лет назад. Расстроенный Джек отправился на экскурсию по базе, не подозревая, что Дэниел и Саманта совсем близко.